誤解1）ごみ箱があるから削除したファイルはいつでも戻せる。

SharePoint Onlineには、削除したファイルやサイトを復元できる「ごみ箱」や「サイトコレクションのごみ箱（削除済みデータ）」機能があります。
しかし、ごみ箱に入ったコンテンツは、一定期間（93日 *1）を過ぎると完全に削除され、復元することができなくなります。
*1）SharePointサイト コレクションのごみ箱を管理する

誤解2）バージョン履歴機能があるから、世代バックアップ運用は不要。

「バージョン管理」はOfficeファイルとTXT形式しか対応していません。OneNoteは対応していません。（*2）
*2）参考情報: OneDrive for Business の「バージョン履歴」はOneNoteに対応していません

「バージョン管理」はクォーターの制限を超えると、閲覧はできますが、編集は行えなくなります。また、バージョンを戻すこともできません。（*3）
*3）サイト コレクションの記憶域クォータを超過した場合の動作について（サポートからの回答）

使用率が100%を超えたサイト コレクションについては、アイテムの閲覧のみが可能になり、編集は行うことができません。

従いましてバージョン管理による新しいバージョンが作成されることもなく、旧バージョンへのロールバックについてもサイトコレクションの記憶域が100%を下回る状態でなければ行うことができません。100%を超えたサイト コレクションには「空き容量がありません」という表示が画面上部に表示され上記の説明のとおり一切の編集作業ができなくなります。